En busca de las siete piedras legendarias, las "Esmeraldas del Caos", Sonic y sus amigos continúan combatiendo contra el malvado genio Dr. Eggman.
En el momento en que Sonic entró en el cuartel general del Dr. Eggman, las 7 Esmeraldas del Caos se reunieron y crearon un "Control del Caos" gigante, que llevó a Sonic y los demás a través del tiempo al mundo humano. Allí, Sonic se encuentra con un chico amable, Chris... Todos ellos fueron separados en un mundo desconocido.
¿Serán capaces de reunirse? ¿Y qué le sucederá al plan de dominar el mundo del Dr. Eggman?