Basado en la serie de novelas ligeras de Yumizuru Izuru, con ilustraciones de Okiura Hiroyuki.
La Academia IS entrena a jóvenes que aspiran a convertirse en pilotos del IS (Infinite Stratos), un exoesqueleto con capacidad de combate, solo operable por mujeres. Curiosamente, existe un único hombre capaz de operarlo, Orimura Ichika de quince años, quien ahora se encuentra en una academia dominada por chicas.
Como es de esperar, entre las chicas de la academia se encuentra con una amiga de la infancia, Shinonono Houki.