En este mundo, existe gente con habilidades especiales para manipular objetos y transformarlos en otros distintos. Estas personas son conocidas como alquimistas. Sin embargo, este proceso tiene unas reglas que afirman que para llevar a cabo la manipulación es necesario pagar con algo de valor equivalente.
Nuestro protagonista es un famoso alquimista llamado Edward Elric, que perdió a su hermano pequeño Alphonse en un accidente. Edward consiguió contener el alma de su hermano en una armadura, pero superponer el alma y el nuevo cuerpo del difunto le cuesta un brazo, así que los dos hermanos salen a la búsqueda de la Piedra Filosofal y así conseguir volver a la normalidad.
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