Ésta historia se ubica en el verano de 2010, aproximadamente un año después de los eventos ocurridos en Chaos;Head, en Akihabara.
Steins;Gate trata sobre un grupo de amigos, quienes modificaron un microondas para convertirlo en un dispositivo que envía mensajes de texto a el pasado. Debido a que han realizado varios experimentos, una organización llamada SERN que a su vez ha estado investigando sobre viajar en el tiempo, los detecta y ahora los protagonistas se ven obligados a encontrar una forma de evitar ser capturados por ellos.
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