La historia de esta serie está situada varias décadas después que la original y seguirá la historia de Yusei Fudo, un duelista con mucho talento que compite en un nuevo juego llamado Riding Duel, donde los participantes conducen unos Duel Disks. El de Yusei es una moto llamada D-Wheel.
Su carta principal será el "Stardust Dragon". A Yusei le acompañan sus amigos de la infancia, los gemelos Rua y Ruka, y sus rivales en el estadio serán Jack Atlas (que controla la carta "King") y Aki Izayoi, una misteriosa chica que puede invocar poderes sobrenaturales durante los duelos.
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