La tierra se ha convertido en el objetivo de invasión de los Cthuwulf. Una chica joven, Nagisa Kano, se convierte en la clave de la defensa de la tierra cuando se ve forzada a convertirse en la compañera de Iczer-1, una androide que está combatiendo la invasión alienígena. Iczer-1 no sabe porqué está luchando contra los Cthuwulf y Nagisa no comprende qué importancia tiene ella. Ambas acabaran encontrando sus respectivas respuesta pero ¿a qué precio?