Nikumaru (que en japonés significa albóndiga) es un estudiánte de 17 años en el Instituto Ninja, una escuela especial para el entrenamiento de los ninjas.
él es pequeño y gordito pero posee una super-técnica conocida como el "kamikaze", con la que genera un tornado con los pies. La serie cuenta sus aventuras y gamberradas, y cómo Nikumaru conoce sus rivales dentro y fuera de la escuela.