Hiroki es un pequeño genio de la programación de ordenadores que, harto de la presión en la que vive a pesar de su edad, se suicida lanzándose al vacío tras crear un último programa.
Años más tarde, se presenta en sociedad un revolucionario juego de realidad virtual, el Cocoon, realizado por la empresa en la que aquel chiquillo trabajaba. Conan, Ran, Kogoro y los "detective boys" están invitados a la fiesta por diversos motivos. El padre de Conan, Yuusaku Kudo, es uno de los invitados de honor al haber contribuido con sus conocimientos en uno de los mundos del juego. A lo largo y ancho del enorme vestíbulo están las figuras más destacadas de las finanzas y la política del país, las familias más poderosas e influyentes, que han llevado a sus hijos para la prueba demostrativa que se hará del Cocoon.
Mientras se lleva a cabo la presentación del juego, Schindler, el padre adoptivo de Hiroki y presidente de la empresa que ha producido el juego, asesina a Kashimura, el verdadero padre del chaval, sin motivo aparente. Antes de morir, éste introduce en el juego una clave de tres letras...
Los niños y niñas elegidos para probar el juego entran en las cápsulas de realidad virtual, incluidos Conan, Ran y los "detective boys". Pero algo anómalo sucede. El programa Arca de Noé, el último trabajo creado por el chico, toma el control de las cápsulas. Criticando el nepotismo japonés, explica que ha decidido reconducir a la sociedad japonesa y que matará a todos los niños que se encuentran en las máquinas para poder cambiar las bases sociales. La única posibilidad que tienen de salvarse es que al menos uno de ellos logre acabar la partida antes del tiempo previsto, con lo que liberaría a todos sin excepción. Entre las diferentes opciones de juego (los vikingos, la búsqueda del tesoro...), Conan y sus amigos deciden ir a la captura de Jack el destripador en un Londres victoriano que ve la lucha entre Sherlock Holmes y el profesor Moriarty, siendo acompañados por 4 repelentes chiquillos de familias adineradas. Es, sin duda alguna, el mundo del juego en el que ha colaborado Yuusaku Kudo.
En los diferentes mundos del juego va perdiendo la partida un participante tras otro. En el Londres victoriano también. Y el tiempo se está acabando. ¿Podrá Conan y compañía acabar la partida atrapando a Jack el destripador y liberar a todos los niños?