El profesor Agasa ha pedido a Conan y a la Liga de Detectives Juveniles que vayan a su casa, pero cuando llegan reciben una nota del propio Agasa: ¡lo han secuestrado y quiere que Conan y cía lo encuentren!
Tras la pista del profesor, se dan cuenta que éste está jugando con ellos, hasta que el "juego" toma un cariz más serio.
Ahora que el profesor Agasa está secuestrado de verdad, la misión de Conan y la Liga de Detectives Juveniles es encontrarlo antes de que le pase nada.