La historia continúa desde donde se quedó en la primera temporada. Mahoro vuelve a una apacible vida otra vez como sirvienta en la casa de Suguru después de acabar su lucha con Ryuga. Ryuga, por otra parte, comienza a pensar "Quiero vivir como un hombre normal" y continúa como profesor de ciencias, a pesar de que Slash todavia no puede confiar del todo en el.
Un buen día, una chica misteriosa aparece. Ella es un androide (CODE370), su nombre es Minawa y es la simbólica hermana pequeña de Mahoro...