Seitokai Yakuindomo se desarrolla en la Academia Ousai, una antigua escuela femenina que ahora ha abierto las inscripciones a estudiantes de ambos sexos. Pese a ello, el cuerpo escolar se divide en 524 chicas y solo 28 chicos, lo que hace que se fuerce a uno de los estudiantes masculinos llamado Takatoshi Tsuda a formar parte del consejo escolar a modo de representante de los de su sexo. Allí será el único chico rodeado de chicas, las cuales son bastante peculiares.