En el año 2025 aparecen unos autómatas llamados Kikou que atacan a los humanos dejando a su vez las ciudades devastadas. La civilización queda al borde de la ruina hasta que en Japón se encuentran los restos de un Kikou. La facultad de investigación, el "Instituto Tokyo Kikou" (Toukigen) se establece para investigar el armamento de estos gigantescos robots. Bajo el emblema de "fuego contra fuego", la última esperanza de la humanidad es utilizar los Kikou contra ellos mismos.
Nueve años después aparece una nueva arma llamada Muttsu creada a partir de las investigaciones y todo parece indicar que está lista para usarla en combate. Rin Sagami y Yuzuru Midou serán los elegidos para manejar el Muttsu. En esta misión recaen sobre ellos las esperanzas y el futuro de la humanidad, misión que enfrentarán con coraje y valentía, pero a estos chicos les espera un cruel destino.