Invasores misteriosos llamados Septentriones llegaron a Japón y comienzaron a atacar el país un domingo. Para aguantar, los héroes del Devil Survivor 2 firmaron un pacto con el diablo para convertirse en los Trece Mensajeros del Diablo. Los Septentriones se muestran al menos una vez al día y hay un plazo limitado de siete días para derrotarlos.