De camino a un concurso de canto, Mai y Saki se encuentran con un hombre extraño mirando el reloj más antiguo de la ciudad. Resulta que este reloj es un portal al Mundo de los Relojes, y el misterioso hombre es un sirviente de Dark Fall que quiere detener el tiempo para destruir el mundo. Con la ayuda del espíritu de los relojes, Pretty Cure deben luchar para escapar de su perfecto mecanismo y recuperar el flujo del tiempo. La historia tiene lugar en la segunda mitad de Futari Wa Pretty Cure Splash☆Star.