Un proyecto misterioso, cuyo fin es la destrucción de Patlabor, se desarrolla en las costas de la bahia de Tokyo. Los detectives Kusumi y Shinichiro sortean muchos obstáculos en la investigación de un incidente.
Durante ese tiempo, Shinichiro conoce a una profesora universitaria, Saeko. Durante su investigacion, Kusumi y Shinichiro encuentran monstruos en las bases de reserva que devoran humanos uno tras otro. ¿Podrían estos "monstruos" estar involucrados con los asaltos a patlabors?